Інструкція користувача Introne Lookup

Цей документ містить детальний опис функціоналу та структури вебзастосунку Introne Lookup, призначеного для аналізу інтронів на основі FASTA та GFF файлів.

1. Сторінка створення нового запиту

1.1. Доступ до менеджменту запитів

Для цього необхідно:

1. Ввести свій нікнейм;
2. Виконати пошук запитів для цього нікнейму.

Користувача буде переадресовано на сторінку менеджменту запитів для вказаного нікнейма.

1.2. Процес створення запиту

Для створення запиту:

1. Ввести свій нікнейм. За цим нікнеймом буде виконуватися агрегація та пошук ваших запитів, тому його важливо пам'ятати;
2. Вказати джерело FASTA та GFF файлів на сервері (приклад);
3. Обрати імена хромосом, які будуть використані для аналізу;
4. Обрати розмір інтронів для пошуку;
5. Надіслати запит.

При надсиланні запиту виконується валідація наданих шляхів і параметрів. У разі виявлення помилок будуть виведені відповідні повідомлення для виправлення.

За умови надання валідних даних сторінка буде автоматично оновлена. Ви побачите поточний статус запиту (Queued), який по мірі обробки зміниться на In progress або Done.

2. Сторінка перегляду існуючого запиту

2.1. Перегляд деталей

2.2. Параметри та статус

Відображаються параметри, статус та час створення у форматі UTC.

2.3. Дії із запитом

Запит, що перебуває в черзі або в процесі виконання, може бути:

• Скасований;
• Оновлений зі змінами.

Виконаний запит можна використовувати як шаблон для створення нового запиту зі зміненими параметрами.

2.4. Отримання результатів

Система надає прямі посилання на:

• Файли з даними;
• Логи помилок.

3. Сторінка перегляду запитів за нікнеймом

3.1. Моніторинг статусів

Відображає всі запити користувача, згруповані за їхнім поточним статусом.

3.2. Керування списком

Щоб видалити запит, натисніть "Delete" та підтвердьте дію. Після видалення сторінка буде автоматично оновлена.

3.3. Перехід до деталей запиту

Натисніть на посилання конкретного запиту, щоб перейти на сторінку його перегляду.

3.4. Оновлення статусу

Використовуйте кнопку "Refresh" для актуалізації інформації про стан виконання запитів.

4. Використання PantherDB для аналізу функціональної приналежнності інтронів
4.1. Отримати файл з кодами генів з результаів аналізу

4.2. Відкрити файл в текстовому редакторі та скопіювати айді генів на panther.db

4.3 - 4.4. Обрати організм для пошуку і запустить аналіз

4.5. Отримати результати аналізу